Gazeteci Ferdi Durdu’nun haberine göre; Ndayishimiye, Malatyaspor’daki performansı ile Süper Lig kulüplerinin ilgisini çekerek, 1 Şubat 2021’de İstanbul Başakşehir’e transfer oldu. Başakşehir’e 2 milyon 150 bin Euro bonservis bedeliyle katılan oyuncu, burada da başarılı bir kariyer sürdürdü. 74 maçta 8 gol ve 4 asistle takımına katkı sağlayan Ndayishimiye, Başakşehir’in değişilmez oyuncularından biri haline geldi.
Youssouf Ndayishimiye’nin futbol kariyeri, 25 Ocak 2023’te Fransız kulübü Nice ile devam etti. 11,5 milyon Euro bonservis bedeliyle Nice’e transfer olan Burundili oyuncu, Transfermarkt verilerine göre o dönemde piyasa değeri 7 milyon Euro iken, günümüzde değeri 12 milyon Euro’ya yükseldi. Nice ile 2027 yılına kadar sözleşme imzalayan Ndayishimiye, kulüp kariyerinde önemli bir adım atmış oldu.
Ancak, Youssouf’un transferiyle ilgili tartışmalar da gündeme geldi. Yeni Malatyaspor’un eski Basın Sözcüsü Ramazan Yeşilova, Ndayishimiye’nin Başakşehir’e transferinden sonra, kulübün alması gereken yüzde 20’lik payın eski başkan Adil Gevrek tarafından Başakşehir’e 350 bin Euro karşılığında devredildiğini öne sürdü. Bu paranın 50 bin Euro’sunun Bifouma’ya ödeme olarak yapıldığı, geri kalan 300 bin Euro’nun ise Adil Gevrek’in iki şirketine gönderildiği iddia edildi.
Yeşilova, bu olayın kulübün mali durumuna ciddi zarar verdiğini belirterek, söz konusu miktarın nasıl kullanıldığını sorguladı. Ndayishimiye’nin transferinden elde edilen payın kulübün yararına kullanılmadığı ve bunun ardından kulübün yüksek borçlarla karşı karşıya kaldığı ifade edildi. Yeşilova, bu durumu yasal süreçle çözüme kavuşturmayı planladıklarını söyledi.